هو العمل الجذري للمحقّق في تخريج مصادر الكتاب وتوثيق أقواله وأفكاره:
المنطقيّة، الفقهيّة، الاصوليّة، التاريخيّة، الجغرافيّة والأدبيّة .. وقد كان تارةً يوثّق مصدر الفكرة إذا كان الشهيد الصدر قدس سره قد نسبها إلى شخصٍ معيّن، واخرى يُرشد إلى مصادر تعرّضت للفكرة وإن لم تكن منظورة إلى الإمام الشهيد قدس سره. وقد عمل في هذا الصدد على التثبّت من الإحالات الموجودة في المقالات المنشورة، فصحّح بعضها، وعدّل بعضها الآخر، ثمّ عمل على إثرائها من خلال تدارك الموارد الكثيرة التي لم يتمّ توثيقها.
تجدر الإشارة هنا إلى أنّ التحقيق قد اعتمد بادئ الأمر على توثيق الروايات اعتماداً على مصادرها الامّ، ولكن تمّ العدول عن ذلك واعتماد كتاب (الوسائل) مرجعاً، وذلك نسجاً على المنوال الذي نهجته لجنة التحقيق في سائر كتب موسوعة الإمام الشهيد الصدر قدس سره، لكن مع الحرص على إبراز الاختلافات الموجودة بين كتاب (الوسائل) وبين الكتب الأربعة المطبوعة وغيرها من المصادر التي ينقل عنها صاحب (الوسائل).

خامساً: إضافة التعليقات:

اشتمل الكتاب على جملةٍ من التعليقات في هامش المتن، وقد توزّعت على النحو التالي:
1- تعليقات الإمام الشهيد الصدر قدس سره على بعض هذه التقريرات، وقد تمّ استخراجها من المخطوطات الواصلة إلينا والمحفوظة في الأرشيف، والتي اشتملت على بعض التعليقات التي كان الشهيد الصدر قدس سره يزيّن بها ما يكتبه طلّابه تقريراً لبحثه، وذلك في إطار رعايته الدراسيّة والعلميّة لهم، وقد تمّ تذييلها بعبارة: (من تعليقة الإمام الشهيد الصدر قدس سره على تقرير فلان).