شهید سید محمدباقر صدر با نبوغ و توانمندی علمی کم‌نظیر خود توانست مکتب اسلام را در مقایسه با اندیشه‌های مدرن و تمدن مادی به‌گونه‌ای برجسته معرفی کند و نشان دهد که اسلام تنها راه‌حل جامع و پایدار برای سعادت انسان در ابعاد فردی و اجتماعی است.
پژوهشگاه تخصصی شهید سید محمدباقر صدر هم‌زمان با برگزاری کنگره بین‌المللی شهید صدر در سال ۱۳۷۹ش. و به همت جمعی از شاگردان ایشان، به‌ویژه حضرت آیت‌الله سید نورالدین اشکوری، تشکیل شد و از آن پس با اشراف ایشان و اجازه رسمی و انحصاری ورثه شهید به گردآوری و نشر آثار آن شهید والامقام و پژوهش در سیره و اندیشه‌های وی پرداخت.
برخی از اعضای هیئت مؤسس پژوهشگاه عبارت‌اند از: مرحوم آیات محمدمهدی آصفی، سید نورالدین اشکوری، سید مرتضی عسکری، سید محمدباقر حکیم، محمدعلی تسخیری، محمدتقی مصباح یزدی و آقایان آیات و حجج‌اسلام محسن اراکی، شیخ مجتبی محمودی، مهدی هادوی تهرانی و سید علی‌اکبر حائری.
این پژوهشگاه با هدف معرفی و تبیین اندیشه‌های نوآورانه شهید صدر در زمینه‌های مختلف علوم اسلامی، گام‌هایی مؤثر در احیای میراث علمی و فکری ایشان برداشته است. برخی از اقدامات این پژوهشگاه عبارت‌اند از:
۱. گردآوری و آرشیو
گردآوری بیش از ۱۰۰۰ صفحه سند از دست‌نوشته‌های شهید صدر
گردآوری حدود ۴۰۰ ساعت صوت از دروس و سخنرانی‌های شهید صدر
گردآوری بیش از ۱۰۰ نسخه مختلف از چاپ‌های نخست کتاب‌های شهید صدر
گردآوری مقالات منتشرشده شهید صدر در مجلات مختلف
گردآوری و احیای بیش از ۱۲۰ قطعه عکس ویژه از شهید صدر، شهید بنت‌الهدی و خاندان صدر
علاوه بر موارد ذکر شده، پژوهشگاه به‌طور مستمر در حال گردآوری اسنادی است که به‌طور مستقیم با شهید صدر یا آثار ایشان مرتبط است. این اسناد شامل:
گردآوری تقریرات دروس شهید صدر (دست‌نوشته‌ها و چاپ‌ها)
گردآوری شروح آثار شهید صدر
جمع‌آوری منابع مورد استناد شهید صدر در آثار مختلف
جمع‌آوری ترجمه‌های آثار شهید صدر به زبان‌های گوناگون (فارسی، انگلیسی، روسی، فرانسه، ژاپنی، اردو و…)
گردآوری کتاب‌ها و مقالات مرتبط با شهید صدر
گردآوری محصولات فرهنگی و هنری تولیدشده درباره شهید صدر به زبان‌های مختلف
۲. تصحیح، تحقیق و نشر آثار
پس از گردآوری اولیه آرشیو آثار شهید صدر، پژوهشگاه به تصحیح و تحقیق مجدد آثاری که پیش از این منتشر شده بود، پرداخت. حاصل این تلاش‌ها، مجموعه آثار ۲۱ جلدی شهید صدر به زبان عربی با عنوان «موسوعة الإمام الشهید السید محمدباقر الصدر» است. در گام بعدی، ترجمه این آثار به زبان‌های زنده، به‌ویژه زبان فارسی، در دستور کار پژوهشگاه قرار داد.
۳. پژوهش در آثار و اندیشه‌های شهید صدر
گردآوری، تدوین، تکمیل و عرضه پژوهش‌های انجام‌شده درباره شهید صدر
حمایت از پژوهش‌ها و اقدامات پژوهشی مرتبط
برگزاری نشست‌های تخصصی
رایزنی و برقراری ارتباطات علمی و پژوهشی با دانشگاه‌ها و مؤسسات علمی و پژوهشی
پژوهشگاه تخصصی شهید صدر همچنان با رویکردی علمی و پژوهشی در صدد گسترش مرزهای دانش در زمینه اندیشه‌های شهید سید محمدباقر صدر و ترویج معارف اسلامی است.
