پژوهشگاه تخصصی شهید سید محمدباقر صدر، هم‌زمان با برگزاری کنگره بین‌المللی شهید صدر در سال ۱۳۷۹ش. و به‌همت جمعی از شاگردان ایشان، به‌ویژه حضرت آیت‌الله سید نورالدین اشکوری، تشکیل شد و از آن پس با اشراف ایشان و اجازه رسمی و انحصاری ورثه شهید به گردآوری و نشر آثار آن شهید والامقام و پژوهش در سیره و اندیشه‌های وی پرداخت.

شهید سید محمدباقر صدر با نبوغ و توانمندی علمی کم‌نظیر خود توانست مکتب اسلام را در مقایسه با اندیشه‌های مدرن و تمدن مادی به‌گونه‌ای برجسته معرفی کند و نشان دهد که اسلام تنها راه‌حل جامع و پایدار برای سعادت انسان در ابعاد فردی و اجتماعی است. ازاین‌رو پژوهشگاه تخصصی شهید صدر، با تکیه بر این مبانی فکری و میراث علمی کم‌نظیر، مأموریت خود را تعریف کرده است.

برخی از اعضای هیئت مؤسس پژوهشگاه عبارت‌اند از: آیات و حجج اسلام محمدمهدی آصفی، مرحوم سید نورالدین اشکوری، سید مرتضی عسکری، سید محمدباقر حکیم، محمدعلی تسخیری، محمدتقی مصباح یزدی و محسن اراکی، شیخ مجتبی محمودی، مهدی هادوی تهرانی و سید علی‌اکبر حائری.

پژوهشگاه تخصصی شهید صدر، به‌عنوان مرجع انحصاری حفظ و نشر آثار آن استاد شهید، با هدف معرفی و تبیین اندیشه‌های نوآورانه شهید صدر در زمینه‌های مختلف علوم اسلامی، گام‌هایی مؤثر در احیای میراث علمی و فکری ایشان برداشته است. برخی از اقدامات این پژوهشگاه عبارت‌اند از:

۱. گردآوری و آرشیو

• گردآوری بیش از ۱۰۰۰ صفحه سند از دست‌نوشته‌های شهید صدر
• گردآوری حدود ۴۰۰ ساعت صوت از دروس و سخنرانی‌های شهید صدر
• گردآوری بیش از ۱۰۰ نسخه مختلف از چاپ‌های نخست کتاب‌های شهید صدر
• گردآوری مقالات منتشرشده شهید صدر در مجلات مختلف
• گردآوری و احیای بیش از ۱۲۰ قطعه عکس ویژه از شهید صدر، شهید بنت‌الهدی و خاندان صدر

علاوه بر موارد ذکرشده، پژوهشگاه تخصصی شهید صدر، به‌عنوان تنها پژوهشگاه رسمی موردتأیید ورثه، به‌طور مستمر در حال گردآوری اسنادی است که به‌طور مستقیم با شهید صدر یا آثار ایشان مرتبط است. این اسناد شامل:

• گردآوری تقریرات دروس شهید صدر (دست‌نوشته‌ها و چاپ‌ها)
• گردآوری شروح آثار شهید صدر
• جمع‌آوری منابع مورد استناد شهید صدر در آثار مختلف
• جمع‌آوری ترجمه‌های آثار شهید صدر به زبان‌های گوناگون (فارسی، انگلیسی، روسی، فرانسه، ژاپنی، اردو و…)
• گردآوری کتاب‌ها و مقالات مرتبط با شهید صدر
• گردآوری محصولات فرهنگی و هنری تولیدشده درباره شهید صدر به زبان‌های مختلف

۲. تصحیح، تحقیق و نشر آثار شهید صدر

پس از گردآوری اولیه آرشیو آثار شهید صدر، پژوهشگاه تخصصی شهید صدر، به عنوان تنها مرکز رسمی پژوهش در اندیشه‌های شهید صدر، به تصحیح و تحقیق مجدد آثاری که پیش از این منتشر شده بود پرداخت. حاصل این تلاش‌ها، مجموعه‌آثار ۲۱ جلدی شهید صدر به زبان عربی با عنوان «موسوعة الإمام الشهید السید محمدباقر الصدر» است. در گام بعدی، ترجمه این آثار به زبان‌های زنده، به‌ویژه زبان فارسی، در دستور کار پژوهشگاه قرار گرفت.

۳. پژوهش در آثار و اندیشه‌های شهید صدر

• گردآوری، تدوین، تکمیل و عرضه پژوهش‌های انجام‌شده درباره شهید صدر
• حمایت از پژوهش‌ها و اقدامات پژوهشی مرتبط
• برگزاری نشست‌های تخصصی
• رایزنی و برقراری ارتباطات علمی و پژوهشی با دانشگاه‌ها و مؤسسات علمی و پژوهشی

پژوهشگاه تخصصی شهید صدر همچنان با رویکردی علمی و پژوهشی در صدد گسترش مرزهای دانش در زمینه اندیشه‌های شهید سید محمدباقر صدر و ترویج معارف اسلامی است.